La FSAE est partenaire à des intuitions locales et internationales œuvrant dans le domaine agricole et environnemental notamment ; L’institut Nationale d’Etudes et de Recherche Agronomique (INERA), Inspection Provinciale d’Agriculture, Pêche et élevage (IPAPEL), Institut Internationale d’Agriculture Tropicale (IITA), Centre International d’Agriculture Tropicale (CIAT), International Livestock Research Institute (ILRI), Biosciences for Eastern and Central Africa hub (BeCA-Hub), Environmental science research institute (ESRI-German), Beuth university of Berlin, DAAD, etc.

La faculté des sciences agronomiques est membre de RUFORUM, un réseau des universités africaines qui organisent des formations en agriculture. EIle est également membre du réseau EALAN (East African land administration network).  

La faculté participe à plusieurs projets de recherche et développement dans la région des grands lacs entre autre ;